دیده‌بان شفافیت افغانستان می‌گوید که کمیسیون مستقل نظارت بر تطبیق قانون اساسی، آزادی لازم خود را ندارد و حکومت در امور کاری این کمیسیون، مداخله می‌کند.
تا دو ماه دیگر زمان کاری اعضای هفت گانه کمیسیون مستقل نظارت بر تطبیق قانون اساسی، پایان می‌یابد.
اتحادیه‌ی حقوق‌دانان، انجمن وکیلان مدافع ، دیده‌بان شفافیت و شماری از نهادهای دیگر از حکومت می‌خواهند که اعضای جدید این کمیسیون باید از مجرای نهادهای مدنی تعیین شوند و باید تخصص لازم را، داشته باشند.
سید اکرام افضلی، رییس اجرایی دیدبان شفافیت افغانستان همراه با نهاد عدالت افغانستان ادعا دارند که این کمیسیون به دلیل فشارهای سیاسی نمی‌تواند بر کارکرد‌های قوای سه گانه حکومت، نظارت داشته باشد.
سید اکرام افضلی می‌گوید که بررسی‌های این نهاد‌ها نشان می‌دهد که اعضای کمیسیون مستقل نظارت بر تطبیق قانون اساسی در زمان کاری خود از عمل‌کرد قوای سه گانه در اجرای قانون اساسی به گونه‌ی درست نظارت نکرده اند و زیر فشارهای سیاسی قرار گرفته اند.
عبدالوحید فرزه‌یی، عضو رهبری اتحادیه‌ی حقوق‌دانان افغانستان می‌گوید که گزینش اعضای کمیسیون مستقل نظارت بر تطبیق قانون اساسی، بربنیاد سلیقه‌های شخصی صورت گرفته و شماری از اعضای آن از تخصص مسلکی بی‌بهره اند.
لیلما ناصری، رییس نهاد عدالت افغانستان به این باور است که کمیسیون مستقل نظارت بر تطبیق قانون اساسی، از آغاز کار تا حال با دشواری‌های حقوقی روبه‌روست و صلاحیت‌های آن مشخص نشده است.
این در حالی است که عبدالرووف هروی، عضو کمیسیون مستقل نظارت بر تطبیق قانون اساسی، چنین اتهام‌هایی به شمول مداخله‌ی حکومت در امور کاری این کمسیون را رد می‌کند؛ اما تاکید دارد که قوه‌ی سه گانه‌ی حکومت با آنان همکاری لازم ندارد.
اختلاف در میان اعضای کمیسیون نیز نگرانی برخی نهادهای حقوقی کشور را برانگیخته است.
انجمن وکیلان مدافع به این باور است که تا حال در باره‌ی صلاحیت تفسیر قانون اساسی میان دادگاه عالی و کمیسیون مستقل نظارت بر تطبیق قانون اساسی، اختلاف‌هایی وجود دارد.
مشکلی که کمیسیون نیز آن را می‌پذیرد و انتظار دارد تا با تعدیل قانون این کمیسیون بر چنین دشواری‌هایی نقطه‌ی پایان گذاشته شود.
