شماری از پژوهشگران می‌گویند که روند صلح، طالبان را دچار چند دسته‌گی کرده است و آنان می‌گویند که شاخه‌ی نظامی گروه طالبان با شاخه‌ی سیاسی این گروه کاملن هم‌نظر نیستند و کمیسیون نظامی با تصمیم‌های سیاسی این گروه مخالفت خواهد کرد.
هم‌زمان برخی آگاهان همچنان می‌گویند که جنگ‌جویان محلی طالبان سود شانرا بیشتر در جنگ می‌بینند.
در همین حال منابع دیگر می‌گویند که فرماندهان طالبان اگر با تصمیم سیاسی این گروه مخالفت کنند هدف قرار خواهند گرفت.
از سوی هم، عمر صدر پژوهشگر انستیتیوت مطالعات راهبردی افغانستان گفت که مسوولان نظامی طالبان افراطی‌تر از مسوولان سیاسی‌شان است ازهمین رو ممکن برخی تصمیم‌های دفتر قطر مورد پذیرش آنان نباشد.
هم اکنون گروه طالبان از سه شاخه مدیریت می‌شوند، دفتر سیاسی در قطر ، کمیسیون نظامی شان که گفته می‌شود در پاکستان به سر می‌برد و مفتی‌ها.
منابع می‌گویند که کشته شدن برادر ملاهبت الله اخندزاده رهبر طالبان هم، به همین موضوع ارتباط دارد.
به باور همایون جریرعضو رهبری حزب اسلامی افغانستان، مفتی‌های طالبان نیز جنگ را نسبت به صلح ترجیح می‌دهند.
طرف دیگر، فرماندهان محلی گروه طالبان است که ماشین جنگی آنان را مواد مخدر و استخراج غیرقانونی معادن، گرم نگه‌داشته است و حتا کسانی هستند که عضویت طالبان را بخاطر داشتن زور و حفظ آن در محل‌ها و قاچاق مواد مخدر، پذیرفته است.
علی امیری استاد دانشگاه می‌گوید که فرماندهان محلی این گروه هم دوست ندارند با گذاشتن سلاح در زمین، منبع درآمدشان را از بین ببرند.
باورها در مورد پذیرفته نشدن تصمیم دفتر قطر طالبان توسط کمیسیون نظامی این گروه در حالی به وجود آمده که منابع نزدیک به طالبان می‌گویند دفتر سیاسی قطر در گفت‌وگو با امریکا نقش نمادین داشته و تصمیم اصلی در پس پرده از سوی کمیسیون نظامی این گروه گرفته شده است.
