پس از روی کار آمدن امارت اسلامی و سقوط جمهوریت، رهبر امارت اسلامی در روزهای نخست فرمان عفو عمومی را در کشور اعلام کرد، که بر مبنای آن، همه شهروندان کشور مشمول کارمندان حکومت پیشین زیر پرچم امارت در امان خواهند بود.
حالا پس از گذشت سه سال از این فرمان، سرپرست وزارت داخله کشور در یک نشست مردمی در پکتیا ادعا می‌کند که فرمان عفو عمومی در سه سال گذشته رعایت شده‌است.
سراج‌الدین حقانی که به هدف حل اختلاف‌های مردمی به این ولایت سفر کرده، با تأکید بر این که پس از روی کار آمدن امارت اسلامی بسیاری از دشمنی‌ها به دوستی تبدیل شده، گفته‌است که هیچ کس ثابت کرده نمی‌تواند که در سه سال گذشته کارمندان حکومت سابق اعدام یا کشته شده باشند.
سراج‌الدین حقانی سرپرست وزارت داخله در این نشست گفت:«در این سه سال حکومت امارت، کسی ثابت کرده نمی‌تواند که فردی از رژیم گذشته را کسی اعدام یا کشته باشد. حتا دادگاه پرونده‌های شخصی آنان را نیز معطل کرده‌است.»
اما یک حقوق‌دان باورمند است که این موضوع نیاز به بررسی از سوی یک قوه نظارتی متشکل از نمایندگان مردم و علما دارد.
گفتنی است که پیش از این نیز آقای حقانی با تأکید بر این که نیروهای آنها به فرمان عفو عمومی متعهد اند، گفته بود: کسی‌که این فرمان را نقض کرده و احساسات خود را بر اصول ترجیح دهد، مطابق احکام شریعت اسلامی محاکمه خواهد شد.
